Flauta neapšaubāmi ir viens no vissenākajiem mūzikas rīkiem, jo tās senči bijuši kaula svilpītes jau aizvēsturē.

Kādā grieķu teikā tiek minēta rindā sasietu niedru stabulītes pūšana. To skaņai īpatnu burvīgumu piešķir tā sekundes desmitdaļa, kad katrā no stobriņiem veidojas skaņa. Šāds stabuļu veids vēl joprojām populārs seno indiāņu zemēs Dienvidamerikā.

Seno Austrumu kultūrās plaši izmantoja arī no gala pūšamās flautas. Renesanses laikā flautu, tāpat kā citus pūšaminstrumentus, veidoja dažādos izmēros, izkārtojot kā kora balsis. Tās bija no gala pūšamās blokflautas, kurā īpaša galviņa gaisa strūklu vada pret šķeļmalu. Koka pūšamajiem instrumentiem raksturīgas mēlītes, bet flautai šo funkciju pilda šī nekustīgā šķeļmala. Blokflautas visai bieži tika spēlētas arī barokā.

Baha laikos lielāku uzmanību guva no sāniem pūšamās šķērsflautas. Orķestros bieži tiek izmantotas arī izmērā nelielākās, bet ne mazāk virtuozās pikolo flautas.

20.gs. komponisti atklāja flautai vēl neizzinātas skaņu nokrāsas gan izskandinot divas skaņas vienlaikus, gan otru balsi piedziedot klāt.